Colectivos y comuneros de Milpa Alta han denunciado que el proceso para avanzar con la obra está marcado por lo que califican como señales claras de imposición, incluso antes de que se construyan las torres y estaciones del sistema. Según análisis publicados en medios cercanos a organizaciones sociales, estas señalizaciones no solo reflejan una falta de respeto a la autonomía comunitaria, sino también posibles violaciones a derechos consagrados en la ley Agraria y en mecanismos de consulta indígena